Depuis 2001, différentes prospections, pédestre et subaquatique, ont été effectuées afin d’évaluer le potentiel archéologique du lit mineur du Doubs, reconnaître les aménagements du cours d’eau ainsi que les éventuels points de franchissement de la rivière (gués ou vestiges de ponts).
La reconnaissance pédestre, en amont de l’actuel pont routier a permis de repérer au lieu-dit « la Cornaie des Isles », dans la berge de rive d’un méandre du Doubs, un alignement de très gros blocs taillés, reposant sur la dalle calcaire du terrain naturel. Cet alignement, localisé en amont des paléochenaux cartographiés par la géophysique correspond au prolongement du tracé d’une digue-chemin, apparue un peu plus au sud dans la coupe d’une sablière (Jeannin 1986). Ces blocs taillés appartiennent vraisemblablement au soubassement de cette digue édifiée pour empêcher la réactivation des chenaux lors des périodes de crue.
En aval du pont routier actuel de Mandeure, un autre alignement de blocs a été repéré dans la berge du Doubs, côté rive gauche. Il est en grande partie masqué par la végétation. Comme pour les autres alignements, aucun élément de datation n’était visible. Cet alignement correspond en fait à un renforcement de berge, déjà entrevu en 1958 sur 40m de longueur, à la faveur de l’étiage de la rivière (Jeannin, 1986, Frezouls, 1988). Cette structure, constituée de blocs de pierres mais également de poutres, avait également été repérée auparavant par Parrot au XVIIIe siècle, qui mentionnait aussi la présence d’anneaux destinés à amarrer les bateaux (Frezouls, 1988).
L’identification, à hauteur du castellum, d’aménagements de berges sur les deux rives, suggère que la navigabilité du Doubs à l’époque romaine commençait en amont de l’actuel pont routier de Mandeure. Notre exploration du chenal actuel sur plus de 500 m en amont de ce pont laisse penser que les aménagements portuaires de l’époque romaine, vraisemblablement rudimentaires, n’ont laissé que très peu de traces, facilement effacées par l’action érosive des crues.