Les traces d’habitat sont, dans l’état actuel des connaissances, peu conséquentes. Elles se répartissent en différents points à l’intérieur du méandre du Doubs et sont le fruit de découvertes réalisées à l'occasion de fouilles restreintes ou de surveillances de travaux. Plus récemment, des sondages réalisés en trois endroits ont révélé l’existence de niveaux d’occupations précoces, livrant un matériel caractéristique de la fin de la période Gauloise (-120 à - 40 av. J.C.) et de l’époque augustéenne (-27 à -14 av. J.C.).
Au vu de ces données, on peut avancer l’hypothèse que, pour l’essentiel, l’habitat gaulois se trouve enfoui sous la ville romaine, à l’intérieur de la boucle du Doubs et sur ses abords. Son extension, sa densité ne sont pas connues. De plus, les contextes d’occupation précoce semblent se rattacher, pour l’instant, exclusivement à la période (-50 à -20 av. J.C.), tandis que les contextes d’habitat plus anciens de la fin de la période gauloise, phase bien attestée dans le sanctuaire et la nécropole, nous échappent encore. Par ailleurs, les prospections à grande échelle et sondages linéaires réalisés ces dernières années n’ont pas détecté la présence d’un rempart Gaulois. Nous excluons donc, pour l’instant, une configuration d’oppidum, au profit d’une agglomération de plaine ouverte, bénéficiant d’un réseau défensif de petits sites de hauteur fortifiés, implantés le long des vallées du Doubs et de ses affluents.